В 2013 – 2014 учебном году МБОУ Фруктовская средняя общеобразовательная школа продолжает тесное сотрудничество с кафедрой социальной психологии и педагогики ГОУ ВПО Московский государственный областной социально-гуманитарный институт по теме «Предметное обучение в средней школе; апробация инновационных технологий в условиях модернизации современного образования»
Продолжается совместная деятельность с МБОУ средняя общеобразовательная школа № 16 г. Коломна. Целью сотрудничества является партнёрство для реализации задач модернизации образования, национальной инициативы «Наша новая школа» и реализация ФГОС.
Продолжается сотрудничество с ФБГОУ ВПО «Московский государственный университет технологий и управления им. К.Г. Разумовского». Представители университета оказывают методическую поддержку педагогам МБОУ Фруктовская СОШ.
Заключить договор о научно-практическом сотрудничестве и опытно-инновационной деятельности с Федеральным государственным научным учреждением «Институт теории и истории педагогики» российской академии образования (ФГНУ ИТИП РАО). МБОУ Фруктовская средняя общеобразовательная школа присвоен статус Федеральной инновационной площадки по теме «Инновационные подходы к деятельности педагога в открытом образовании»